Veamos ahora cómo estructura la presentación del contenido. El primer capítulo hace referencia a las enfermedades de la cabeza en su totalidad, y después especifica los trastornos de los ojos en el segundo, oídos en el tercero, nariz en el cuarto y la boca que ocupa el quinto y parte del sexto. La segunda parte del sexto describe afecciones de cara, cuello y manos, el séptimo versa sobre corazón, pecho y abdomen y el octavo sobre la mitad inferior del cuerpo hasta los pies. El noveno y décimo capítulos saltan el orden establecido haciendo referencia a enfermedades anorrectales, malas digestiones, afecciones articulares, y en ellos hay también revelaciones del pensamiento precolombino en relación a afecciones del tonalli, enfermedades causadas por los aires, enfermedades en relación con el rayo, etc.
Los capítulos siguientes, el once y el doce, nos hablan de manera explícita de las enfermedades que afectaban a la población infantil y a las mujeres, y finalmente en el capítulo trece se enuncian los signos de la muerte próxima.
Hay en el texto gran cantidad de enfermedades de nomenclatura claramente europea, como el
mal comicial, la podagra, la micropsiquia, el mal de Abdera o locura. Estas son citadas en textos
clásicos y que se supone que fueron conocidos por Juan Badiano (libros de Plinio, Dioscórides y
Galeno que seguramente estarían en la Biblioteca del Colegio), quien pudiera haber intercambiado opiniones con Sahagún según se iba elaborando el libro. La influencia europea es pues importante
desde el punto de vista de su asimilación por los médicos indígenas. Hay también tratamientos de
origen prehispánico perfectamente estructurados formando parte de lo que debía ser un sistema médico indígena. Por ello, se debe de intentar separar el conocimiento puramente nativo de la influencia europea a la hora de estudiar el manuscrito.
Así, las enfermedades que afectan a las entidades anímicas se encuentran en los capítulos nueve y diez, localizando los males en la cabeza para el tonalli, los males del corazón para el teyolia y el hígado que afectaba a la tercera de las entidades anímicas o ihiyotl. Las enfermedades descritas en estos capítulos tienen en común el aumento o pérdida de calor y su desplazamiento por distintos órganos y sistemas; así como en el décimo, las enfermedades atribuidas a vientos más o menos dañinos y a cambios en el olor.
Se han realizado así mismo numerosos análisis semánticos de los nombres nahuas estableciendo contrastes con los elementos terapéuticos expuestos en el texto (Aranda 2003).
Aunque el documento se considera fundamental para el conocimiento médico nahua, hay que destacar que la medicina indígena a la que se hace referencia no se conoce a ciencia cierta si es la
del momento histórico de la Colonia, o bien a una concepción anterior.
Por otro lado, aunque la tradición es netamente prehispánica, desde el momento en que se escribe en latín y se cita a Plinio no puede considerarse indígena pura, aunque la gran mayoría de los remedios, por así decirlo, si que lo sean (Viesca 1997).
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